Il colore nei mammiferi dipende dalla presenza di melanina nella cute e nel pelo, queste sono polimeri complessi formati da tirosina e cisteina, proteine la cui concentrazione determina la pigmentazione del mantello che può essere nero-nerastro o giallastro-rossiccio.
Lo studio genetico della pigmentazione considera quindi l’ereditabilità dei caratteri che influenzano i granuli di pigmento. La concentrazione più o meno alta di queste proteine determina la differenziazione dei mantelli dei cavalli i cui colori base sono il Baio, il Sauro e il Nero e si dividono in mantelli semplici quando sono costituiti da un solo colore (es. Morello, Bianco, Palomino, ecc.); mantelli composti quando sono costituiti da due colori mescolati (es. Grigio, Lupino, Ubero); mantelli a due colori di cui uno costituisce il fondo e l’altro è localizzato alle estremità, criniera e coda (es. Baio, Isabella, Sorcino, ecc); mantelli composti a tre colori nei quali si mescolano tre diversi toni (es. Roano); e infine i mantelli pezzati che sono costituiti da una serie di pezzature dovute ad una depigmentazione del colore dominante.